Секторот за управување со човечки ресурси ги врши работите кои се однесуваат на методолошка, организациска и техничка поддршка во изработка на актите за внатрешна организација и систематизација на работните места, планирање и екипирање на човечките ресурси, пополнување на работните места преку вработување со јавен или интерен оглас, прераспоредување, воведување во работата и менторство, оценување на вработените, мотивација и одржување на човечките односи, проценка на постигнатото на секој државен службеник во периодот на оценување, подготвува Годишна програма за обука на вработените во Министерството усогласена со буџетските средства и стратешкиот план на Министерството и истата се доставува до Министерството за информатичко општество и администрација. Извршува стручна обработка на податоците од извештаите доставени од раководителите на одделенијата; се грижи за следење на имплементацијата на Законот за државните службеници и другите законски прописи од областа на работните односи и на другите подзаконски акти во државните органи, остварува редовни контакти со другите раководители на секторите, организира и остварува соработка со другите државни органи за работи од оваа област.
Секторот за управување со човечки ресурси во својот состав ги има следните одделенија :
Одделение за мобилност и вработување во државна служба – има за цел да ги спроведува постапките за вработување преку јавен оглас, интерен оглас, превземање од еден во друг орган на работно место во исто звање, планирање на човечки ресурси, координирање и контролирање на персоналната евиденција на Министерството за здравство, следење и применување на законите, подзаконските акти и други прописи што се однесуваат на државните службеници, вклучувајки ги оние поврзани со правичната застапеност на заедниците, следење на потребата од пополнување на работните места според систематизацијата и соработка со раководителите на останатите сектори и органи во состав и спроведување на кадровската политика во согласност со среднорочната стратегија на Министерството, соработување со Агенцијата за администрација и Министерството за информатичко општество и администрација во областите од делокругот на работата на одделението, доставување на ДС обрасци Министерството за информатичко општество и администрација за секоја настаната промена на работното место за вработените во Министерсвото согласно Правилникот за систематизација на работните места во Министерството за здравство, барање на согласности за пополнување на слободни работни места, координирање на матичната евиденција на вработените во Министерствот за здравство, пријава и одјава во здравствено осигурување преку ЗО обрасци во Фондот за здравствено осигурување на Македонија за вработените во Министерството и членовите на нивните семејства кои се здравствено осигурани преку ностелот на здравствено осигурување, соработување со Пензиско и инвалидско осигурување на Македонија и Агенцијата за вработување за потребите на Министерството за пријава за вработување или одјава за престанок на работен однос, изготвува Годишен извештај за изречени мерки за утврдување на дисциплинска и материјална одговорност за државните службеници во Министерството за тековната година и доставување до Министерството за информатичко општество и администрација, изготвува Годишен план за соодветна и правична застапеност на заедниците за Министерството и истиот се доставува до Секретаријатот за спроведување на Рамковниот договор и Министерството за информатичко општество и администрација, утврдување на концепти за работа на одделението и превземање на мерки за подготвување и обработување на документацијата по утврдена методологија за вработените во Министерството за здравство, контролирање и одобрување на редовните статистички и други извештаи поврзани со персоналната евиденција за вработените во Министерството за здравство, изготвување на План за користење на годишен одмор за вработените во Министерството, изготвување на решенија за користење на годишен одмор, решенија за користење на платено или неплатено отсуство, решенија за мирување на работен однос и други решенија кои произлегуваат согласно Законот за државните службеници и другите законски прописи од областа на работните односи.
Одделение замотивација, оценување, стручно оспособување и усовршување – има за цел да извршува проценка и анализа за потребите од обуки со цел за подготовка на Годишна Програма за обуки за државните службеници во Минстерсвото која се базира врз реалните потреби на вработените во Министерството за здравство усогласена со буџетските средства и стратешкиот план на Министерството и доставување до Министерството за информатичко општество и администрација, давање на стручна помош и совети во работењето на државните службеници во одделението и грижа за стручното усовршување и работната дисциплина на вработените во одделението, спроведување на постапката на оценување на државните службеници во министерството, проценка на постигнатото на секој државен службеник во периодот на оценување, аналитичка обработка на податоците за спроведеното оценување, изработка на полугодишен извештај за оценувањето на државните службеници во Министерството и негово доставување до Министерството за информатичко општество и администрација, врши следење и евалуација на стекнати знаења од доставените извештаи од вработените кои присуствувале на одредени обуки, изготвување на Полугодишен извештај за спроведените специјализирани обуки за државните службеници во Министерството за здравство согласно добиените информации од джавните службеници и доставување до Министерството за информатичко општество и администрација, согледување на вредноста и квалитетот на реализираните обуки, развивање на политики и упатства за активно промовирање на култура на отворена комуникација и транспарентност во работењето, поттикнување на тимско работење, активирање и мотивација и одржување на човечките ресурси, грижа за високо ниво на мотивација и етика и следење на примената и почитувањето на етичкиот кодекс за државните службеници.
Одделение за мониторинг на екипираност со човечки ресурси во ЈЗУ и следење на правичната застапеност на заедниците – има за цел да ја следи на состојбата на екипираност со човечки ресурси и имплементацијата на правичната застапеност на припадниците на заедниците кои не се мнозинство во Република Македонија, организира прибирање податоци за вработените во Јавните здравствени установи, по: школска спрема, квалификациона структура, полова застапеност и етничка припадност – припадност на заедницата и состојбата на интегрирањето на истите во рамките на институциите во кои работат согласно стратегијата и политиката на Владата на Република Македонија.