Sektori për revision të brendshëm
Sektori për integrime europjane
Sektori për sigurim shëndetësor dhe ndjekje të punës se FSSHM
Sektori i teknologjisë së informatikës dhe komunikimit
Sektor për bashkëpunim ndërkombëtar dhe ndihmë teknike në kabinet
Sektori për menaxhim me kriza në sektorin e shëndetëse dhe donacionet
Sektori për çështje normative ligjore dhe administrative
Sektori për punë të përgjithshme
Sektori për mbrojtje preventive shëndetësore
Sektori për mbrojtje primare shëndetësore
Sektori për mbrojtje sekundare dhe terciare shëndetësore
Sektori për ndjekje dhe përparim të kualitetit të shërbimeve shëndetësore
Sektor për mbrojtje stomatologjike
Sektor për planifikim strategjik, krijim politik dhe ndjekje
Sektor për menaxhim me resurset njerëzore
Sektori për pyetje financiare