Секторот 
за финансиски прашања има за цел да ги следи и применува законите и подзаконските акти од областа на буџетското и материјалното – финансиско работење, управување со јавните средства на законски, правилен, етички, економичен, ефективен и ефикасен начин, врши правилно евидентирање на финансиските трансакции и навремено финансиско известување и следење на резултатите од работењето. Врши подготовување на Буџетот, негово извршување и следење на реализацијата на Буџетот. Го дефинира Планот за јавни набавки, ја контролира изработката на тендерската документација и се грижи за примена на прописите со кој се регулираат јавните набавки, ја планира динамиката на извршување на набавките, го контролира и следи реализирањето на набавките. Контрола и следење на финансиското и сметководственото работење во министерството и правилна примена на законските прописи. Следи и контролира изготвување и реализација на програмите. Подготвува годишен план за реализација на Буџетските средства и квартални финансиски планови и извештаи за реализирањето на финансиските средства. Задолжително дава мислење по предлог актите што ги изготвуваат другите организациони единици и предлог актите кои имаат или може да имаат финансиски импликации за буџетот на министерството.
Секторот е организиран во четири одделенија:
Одделение за буџетска координација
Одделение за сметководство и плаќања
Одделение за координација за јавните набавки
Одделение за буџетска контрола