Секторот за секундарна и терциерна здравствена заштита го следи системот, организацијата и развојот на секундарната здравствена заштита, го следи системот, организацијата и развојот на секундарната здравствена заштита, ги следи и проучува позитивните искуства во развојот на секундарната здравствена заштита во развиените земји, за развојот и планирањето на болничката здравствена заштита; и воведување на современа здравствена технологија; се предлагаат стручни и научни проекти на Републиката и на меѓународен план сврзани со проблематиката од секундарната здравствена заштита, се организира надзорот над стручната работа во секундарната здравствена заштита. Се подготвуваат планови за потребата од специјалистички и супспецијалистички кадри на здравствени работници и здравствени соработници во Република Македонија. Се водат постапки за признавање на приправнички стаж и стручен испит поминати и положени во странство за здравствените работници со средно и више образование, издавање на одобренија за специјализација на здравствени работници кои не се државјани на Република Македонија; издавање на потврди за положени стручни испити и специјализации, ги следи активностите утврдени со Програмите кои ги донесува Владата на Република Македонија како и распоредување на средствата од тие програми по здравствените установи кои ги вршат овие активности. Секторот е организиран со следните одделенија:
Одделение за болничка дејност – надлежно за организацијата, функционирањето и контролата на болничката здравствена заштита, изготвува планови и спроведува мерки за унапредување, рационализирање за следење на системот, организацијата и развојот на болничката дејност; ги анализира здравствените ефекти од функционирањето на болничката дејност; предлага мерки за воведување на ефективна здравствена технологија во болничката дејност, ги анализира и проучува односите на болничката дејност; го следи материјалното и техничко опремување и дава предлози за целесообразно и наменско опремување на установите кои ја спроведуваат болничката дејност
Одделение за специјалистичко-консултативна дејност – надлежно за организацијата, функционирањето и контролата на секундарна здравствена заштита, изготвува планови и спроведува мерки за унапредување, рационализирање за следење на системот, организацијата и развојот на специјалистичко-консултативната здравствена заштита; ги анализира здравствените ефекти од функционирањето на специјалистичко-консултативната здравствена заштита; предлага мерки за воведување на ефективна здравствена технологија во специјалистичко-консултативната здравствена заштита, ги анализира и проучува односите на специјалистичко-консултативната здравствена заштита; го следи материјалното и техничко опремување и дава предлози за целесообразно и наменско опремување на установите кои ја спроведуваат специјалистичко-консултативната здравствена заштита
Одделение за менаџмент во здравствениот сектор – Воспоставување на национален систем за здравствено истражување; евалуација на здравствената политика во Република Македонија, дефинирање на фактори кои треба да се земат во предвид во поставување на националните приоритети во врска со јавно здравствените проблеми, спроведување, развивање и застапување на здравствени политики од областа на јавното здравје, како и обезбедување на препораки за подобрување на услугите/процедурите, ги идентификува пречките и трошоците, дефинирање на систем на показатели/индикатори за следење на работењето на здравствените установи со цел подобрување и развој на јавното здравје; следење на дефинираниот систем на показатели/индикатори; континуирана обука на здравствениот персонал за потребата и прилагодувањето кон новите потреби.
