Секторот за примарна здравствена заштита е надлежен за решавање на проблемите од областа на примaрната здравствена заштита според Законот за здравствената заштита, Законот за здравственото осигурување и други позитивни прописи кои се во сила.
Секторот за примарна здравствена заштита има три одделенија:
Одделение за организација и функционирање на примарната здравствена заштита
Изготвува планови и спроведува мерки за функционирање на примарната здравствена заштита и учествува во давањето на мислења при изготвувањето на законите и подзаконските акти од областа и надлежноста на секторот
Одделение за амбулантно-поликлиничка заштита, итна медицинска помош и домашно лекување со патронажна дејност
Ги контролира функциите и спроведувањето на амбулантно-поликлиничката дејност во здравствени установи од Примарната Здравствена Заштита, ја следи состојбата и превзема мерки за унапредување на итната медицинска помош и домашното лекување и предлага мерки за развој и унапредување на патронажната дејност
Одделение за сестринска и акушерска здравствена нега
Во кординација со секторот за превентивна здравствена заштита врши планирање и координирање при спроведувањето на Стратегијата за развој на дејноста на медицинските сестри и акушерки и води и развива стратегии на национален акционен план за сестринство и акушерство, акушерките, презема мерки за унапредување на истите и предлага прдлог мерки за подобрување на квалитетот на здравствената заштита.