Секторот се состои од две одделенија и тоа:
– одделение за здравствено осигурување
– оделение за следење и надзор на работата на ФЗОМ
Главна цел на секторот е подобрување во остварувањето на правата од здравственото осигурување на осигурениците и поголема ефикасност на системот на здравствено осигурување, донесување на поефикасни законски решенија за правата на осигурениците и остварување на поквалитетна здравствена заштита. Учествува во изготвувањето на закони и подзаконски акти, меѓународни конвенции и договори од областа на здравственото осигурување.
Во одделението за здравствено осигурување се води второстепената управна постапка по поднесени жалби на решенијата донесени во прв степен, за остварување на правата и обврските од здравственото осигурување, се постапува и одлучува по пресуди од Управниот суд на Република Македонија како и се подготвуваат одговори на прашања, иницијативи, претставки поднесени од осигурени лица, надлежни органи и други институции.
Во одделението за следење и надзор на работата на ФЗОМ се следи буџетот на ФЗОМ и се врши контрола на материјално финансиското работење на ФЗОМ, се следи реализирањето на договорите помеѓу ФЗОМ и здравствените институции и се следи економско-финансиското работење во системот на здравственото осигурување.