Целите и задачите на Секторот за следење и унапредување на квалитетот на здравствените услуги се креирање и координирање на политиките на Министерството за здравство за континуирано унапредување на квалитетот на здравствената заштита.
Методите кои Министерството за здравство преку овој сектор ги користи за остварување на овие цели се мониторирање на квалитетот на работата на здравствените установи преку задолжителни и препорачани индикатори за квалитет. Индикаторите за квалитет се следат од страна на здравствените установи, односно од внатрешните комисии за следење и унапредување на квалитетот на здравствените услуги кои ги сочинуваат вработените во здравствени установи, додека оделението за следење и унапредување на квалитетот на работата на здравствените установи врши координација, контрола и надворешна асистенција на овој процес. Индикаторите кои се користат за мониторирање на квалитетот на работењето на здравствените установи се пропишани со Правилник.
Задача на Секторот е спроведување на процесот на акредитација на здравствените установи, преку кој се обезбедува континуирано унапредување на квалитетот во здравството. Процесот на акредитација се врши преку мерењето на степенот на исполнување на однапред утврдените стандарди за акредитација. Секторот преку одделението за акредитација на здравствените установи учествува во процесот на развивање и периодично ревидирање на стандардите за акредитација, како и во координација на активностите во рамките на постапката на акредитација на здравствените установи.
Со цел зајакнување на капацитетите за остварување на целите и задачите на секторот, секторот за следење и унапредување на квалитетот на здравствените услуги учествува во организирање на обуки на здравствените работници, односно членовите на внатрешните комисии, како и обуки за надворешните оценувачи. Преку овие обуки надворешните и внатрешни оценувачи се оспособуваат за извршување на задачите во процесот на следење и унапредување на квалитетот во здравството, вклучувајќи го и процесот на акредитација на здравствените установи.