1.1 Одделение за мобилност и вработување во државна служба;
1.2 Одделение за мотивација, оценување, стручно оспособување, усовршување и следење на правичната застапеност на заедниците;
2.1 Одделение за кординација и односи со јавноста;
2.2 Одделение за стратешко планирање;
3.1 Одделение за превентивна здравствена заштита;
3.2 Одделение за примарната здравствена заштита;
4.1 Одделение за болничка дејност и специјалистичко-консултативна дејност
4.2 Одделение за едукација на медицински персонал
5.1 Одделение за нормативно – правни и управни работи
5.2 Одделение за здравствено осигурување
Одделение за имплементација, мониторинг и евалуација на ИПА проекти
Одделение за преговори, интеграции
7.СЕКТОР ЗА МЕДИЦИНСКА ОПРЕМА
Одделение за утврдување на потреби, планирање, евиденција и следење на состојбата со медицинската опрема во здравствените установи
Одделение за донации и спонзорство
8.1 Одделение за буџетска координација, сметководство и плаќања
8.2 Одделение за буџетска контрола
9.1 Одделение за административни технички – работи и архивско работење
9.2 Одделение за координација на возен парк и оптшо- технички работи
9.3 Одделение за преводи, лекторирање и јазична редакција
- СЕКТОР ЗА ФАРМАЦИЈА
Одделение за утврдување на цени на лекови
10.2 Одделение за креирање на политики во фармацијата
- СЕКТОР ЗА ХЕМИКАЛИИ
Одделението за управување со хемикалии
Одделението за инспекциски надзор на хемикалии
Одделение за контролирани супстанции
12.СЕКТОР ЗА АНАЛИТИКА, ПЛАНИРАЊЕ И ПРОЕКТИ
12.1 Одделение за изработка на извештаи
12.2 Одделение за анализа и поддршка на проекти
НЕЗАВИСНИ ОДДЕЛЕНИЈА (НАДВОР ОД СЕКТОРИТЕ)
- ОДДЕЛЕНИЕ ЗА ВНАТРЕШНА РЕВИЗИЈА
- ОДДЕЛЕНИЕ ЗА КООРДИНАЦИЈА НА ЈАВНИ НАБАВКИ
- Сектор за стоматолошка заштита
15.1 Одделение за примарна и превентивна стоматолошка заштита
15.2 Одделение за секундарна и специјалистичка стоматолошка заштита
ПРОЕКТНИ ЕДИНИЦИ
Проектна единица за имплементација на проектот за раконструкција и доградба на објектите на здравствени установи