Сектор за здравствено осигурување и следење на работата на ФЗОМ
Сектор за информатичка и комуникациска технологија
Сектор за меѓународна соработка и техничка помош на кабинет
Сектор за менаџирање на кризи во здравствениот сектор и донации
Сектор за следење и унапредување на квалитетот на здравствените услуги
Сектор за стоматолошка заштита
Сектор за стратешко планирање, креирање политики и следење
Сектор за управување со човечки ресурси
Сектро за координација и стратешко планирање
Сектор за превентивна и примарна здравствена заштита
Сектор за секундарна и терциерна здравствена заштита
Сектор за нормативно-правни, управни работи и здравствено осигурување
Сектор за европски интеграции и меѓународна соработка
Сектор за медицинска опрема
Сектор за финансиски прашања
Сектор за општи работи
Сектор за фармација
Сектор за хемикалии
Сектор за аналитика, планирање и проекти